Madrasah Ibtidaiyah Negeri Banda Aceh pada awalnya bernama Sekolah Rendah Islam (SRI) Pendidikan Guru Agama (PGA) atau dikenal dengan nama SRI PGA. Sekolah ini diresmikan secara bersamaan dengan sekolah Pendidikan Guru Agama (PGA) pada tanggal 1 Agustus 1959 oleh Inspeksi Pendidikan Agama Islam Provinsi Aceh. Peresmian tersebut dihadiri oleh pejabat-pejabat pemerintahan dan tokoh-tokoh terkemuka lainnya di Aceh. Setelah peresmian, SRI PGA ini dikoordinir oleh Ustadz Sulaiman Jalil (Alm) salah seorang Guru senior Pendidikan Guru Agama (PGA) selama 1 tahun, pada saat itu gedung PGA dan SRI masih bergabung dalam satu komplek, kemudian pada tahun 1960 Hj. Fatimah Ali menjabat sebagai kepala Sekolah Rendah Islam (SRI) Pendidikan Guru Agama (PGA) pertama setelah sekolah tersebut diresmikan.
Pada tanggal 1 Januari 1978 Sekolah Latihan PGA dinegerikan oleh H. A. Mukti Ali selaku Menteri Agama Republik Indonesia sesuai dengan SK Nomor 15 Tahun 1978 dan berubah nama menjadi Madrasah Ibtidiyah Negeri (MIN) latihan Pendidikan Guru Agama (PGA) atau dikenal dengan nama MIN latihan PGA. Pada tahun 1984 MIN Latihan PGA berubah nama menjadi Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) Banda Aceh, karena sekolah Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) dipindahkan ke Lamteumen dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) Banda Aceh bukan lagi sebagai tempat latihan Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN).Pada masa perkembangannya MIN Banda Aceh dikenal dengan nama MIN Model Banda Aceh hingga sampai saat ini.